Pa to onda moze i sa DJ Decompiler.
Mozda joj nije jasno da je .java fajl takodje tekstualni fajl.
Koliko se secam kada sam radio sa DJ kada dekompajliras fajl imas opciju save_as pa izaberes da bude java.
U svakom slucaju neka opcija sigurno postoji.
Pod uslovom da kod nije obsfrukovan. Tada je maltene nemoguce dekompajlirati kod sa JAD-om ili necim drugim jer takav kod nece moci ponovo da se kompajlira. Nekada je potrebno raditi manipulaciju direktno sa bytecodom. U tom slucaju prava stvar je BCEL(http://jakarta.apache.org/bcel/) za one sa jdk6 nacicete ih pod com.sun.org.apache.bcel.*
A za vas koji koristite Eclipse kao razvojno okruzenje pogledajte jadclipse plugin :)