Ja sam imao sličan problem, nisam uspeo da ga rešim preko mysql-a već sam to uradio na sledeći način.
Fajl za spajanje sa bazom bi trebalo otprilike da liči na ovaj , ako sajt nije rađen u PHP-u moraćeš da preradiš skript:
<?php
$mysql_server="localhost";
$mysql_user="root";
$mysql_pass="";
$mysql_database="ime_baze";
if (!$db=mysql_connect($mysql_server,$mysql_user,$mysql_pass)){die (mysql_error());}
if (!mysql_select_db($mysql_database, $db)){die ("Greška pri spajanju sa bazom <br />".mysql_error());}
mysql_query("SET NAMES utf8");
mysql_query("SET CHARACTER SET utf8");
mysql_query("SET COLLATION_CONNECTION='utf8_unicode_ci'");
?>
.... Obrati pažnju na zadnja tri reda, kada njih dodaš u fajl za spajanje sa bazom sve što ubuduće budeš radio u bazu će se upisivati normalno.
A za podatke koji su ti već u bazi: izvezi ih u SQL fajl i onda u njemu uradi SEARCH AND REPLACE kukica u naša slova :) . Možda će ti rešenje izgledati glupo ali ja sam na taj način za manje od pola sata prepravio bazu koja je izvezena zauzimala 85MB. I ako ti je izvezeni fajl veliki i editor blokira jer ne može da ga otvori zbog veličine, otvori ga preko UltraEdit-a on dobro obrađuje velike fajlove.
Ako imaš dovoljno prostora za svoju bazu da bi sajt bio dostupan dok izvoziš bazu i vraćaš prepravljenu bilo bi pametno da je podigneš pod drugim imenom i onda samo kad završiš ovo staru izbrišeš a novoj promeniš ime ili to odradiš u fajlu za povezivanje.