Problem izaziva to što lokaciju Qt dir-a parsuješ configure skirpti kroz .profile fajl .... Sve što je bilo potrebno je da se izloguješ i da se ponovo uloguješ ....
Al' ukoliko si dovoljno lazzy za tako nešto onda si trebao da upotrebiš --with-qtdir=/path/do/qt/biblioteka ....